Para apagar o CD/DVD no linux é possível fazer de várias maneiras, aqui vão duas delas. Uma em linha de comando (Terminal e outra é com a interface gráfica do Brasero.
Opção 1:
Abra o Terminal:
Aplicativos –> Acessórios –> Terminal
Desmonte o driver e apague o conteúdo como no exemplo abaixo:
umount /dev/cdrom
cdrecord dev=/dev/cdrom blank=fast
Opção 2
Usando o Brasero:
Aplicativos –> Som e Vídeo –> Gravador de Disco Brasero
Pode ir então em:
Ferramentas –> Apagar
Fonte do post, aqui.