Essa eu vou gravar aqui, para num ter que ficar recorrendo ao Oráculo e ficar pedindo ajuda. hehe
Para esconder os ícones das partições montadas no desktop, basta:
Aperte Alt-F2 e digite gconf-editor e clique Executar.
No painel a esquerda procure: apps->nautilus->desktop. Desclica o item volumes_visible E pronto. Feche a janela.