Depois de muito tentar sincronizar minhas notas no Ubuntu One, acabei desistindo. Uma pena. Mas temos o Dropbox como repositório nas nuvens para nos salvar. Claro que você deve ser cliente do serviço.
Para seguir essa dica temos que ter instalados os programas do Tomboy (gerenciador de notas, via Central de Programas você o instala) e o Dropbox no sistema. Assumindo que você já tenha os dois ai, continuemos.
Começando
Primeiro de tudo, você deve criar uma pasta chamada NOTAS dentro de sua pasta /home/Pasta Pessoal/Dropbox. É nela onde será salvo suas notas e automaticamente será enviadas para sua conta online.
Feito isso, abra as PREFERÊNCIAS do Tomboy e na aba Sincronização você deve selecionar o serviço como Pasta Pessoal e em caminho da pasta escolha NOTAS. Salve e feche esta janela.
Pronto. Assim que criar suas notas, elas serão salvas na pasta local e serão envidas para a pasta remota no serviço DropBox.
Espero ter ajudado, pois comigo funfou de boa. Abraços!