Este tutorial oficial do Ubuntu One explica como sincronizar suas notas no programa TOMBOY. Ele é totalmente explicativo e com prints de tela.
Alguns chegaram a falar que o Tomboy não sincronizava no Ubuntu One, mas como a data da última edição do tutorial é bem recente e funciona no Ubuntu 12.04, acho que qualquer tipo de problema já deve ter sido solucionado. Eu recomendo.