Este tutorial oficial do Ubuntu One explica como sincronizar suas notas no programa TOMBOY. Ele é totalmente explicativo e com prints de tela.
Alguns chegaram a falar que o Tomboy não sincronizava no Ubuntu One, mas como a data da última edição do tutorial é bem recente e funciona no Ubuntu 12.04, acho que qualquer tipo de problema já deve ter sido solucionado. Eu recomendo.
Tens certeza que funciona? Pergunto porque no meu ubuntu one, nem existem mais minhas notas e, até onde li, não há mais notes no ubuntu one.
Testei aqui e o link retorna erro 404.