Execute somente os serviços necessários para a operação da sua rede. Serviços que não são muito utilizados caem no esquecimento do administrador.
Verifique se os serviços estão rodando com privilégios de root. Essas permissões geralmente causam os maiores furos na segurança. Se não for necessário, desabilite essa opção.
Verifique se os serviços estão configurados adequadamente à sua rede. Tutoriais e How-To’s geralmente indicam o caminho de como configurar, mas na sua maioria não são muito específicos.
Estabeleça uma política de segurança para a sua rede, como serviços de compartilhamento disponíveis, política de senhas etc.
Firewall. Estabeleça um filtro de tudo que entra na sua rede. De preferência feche todas as portas que não são necessárias para o funcionamento do servidor.
Evite serviços de comunicação p2p, como servidores de músicas, vídeos e até chats e mensagens.
Como última dica: monitore. Diz o ditado que “o boi só engorda aos olhos do seu dono”. Se você cuida da sua rede, dificilmente terá problemas de vulnerabilidade.