Pelo que acabo de ver do Ubuntu 9.10 Karmic Koala Alpha 5, em seu instalado haverá a opção para ter a pasta pessoal segura, isso já era um plano desde o Jaunty, que depois foi retirado e não implementado no lançamento final.
Há uma nova opção em uma das telas de instalação, trata-te de usar a pasta home criptografada. Sendo necessário o uso da senha do usuário para o manuseio da home. Tornam-se mais segura as informações contidas na home de casa usuário. Esta opção pode ser habilitada na instalação como mostra a tela abaixo:
Para ler mais sobre o Alpha 5, veja o post anterior, aqui.
Lembrando que a versão ainda é Alpha e não é aconselhável para máquina de produção.
O Karmic está esperando sua ajuda para tradução, veja mais aqui.
Abraços e boa sorte!! 
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