No Nautilus, ao apagar certas pastas e/ou arquivos de dispositivos externos ou partições do Windows, elas não se apagam exatamente, ficam alocadas numa pasta oculta (.trash)
Para apagar de verdade os arquivos e pastas, abra o Nautilus e logo vá em: Editar > Preferências.
Na aba comportamento, há 2 opções ao final abaixo, na opção Lixeira. Habilite então a opção “Incluir um comando Excluir que não usa a Lixeira”.
Feche e pronto. Sempre que apagar algo de um dispositivo externo (pendrivers, HDs portáteis) e partições do
Windows, estes serão apagados direto.
Mas cuidado em usar essa opção hein?
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Fonte: a apostila em pdf, feita por Ygor Abreu.